GNU R
ライセンスがGNU GPLであり、moocや放送大学などでも使われているので、おそらくアカデミックの世界ではもっともハンディな統計ツールになっているのではないか。多様な利用者に依るアドオンライブラリがあり、書籍やWEBによる情報も充実しているので、初学者も入りやすい。
但し、GUIに慣れきっている人にとってはCUIでコマンドを入力する方法には敷居が高く馴染めないかもしれない（実際は覚えてしまえばこちらのほうが遥かに早い）が、RCommanderというGUIインタフェースやIDEとしてのRStudioも3Pから提供されている。
WEKA
NZのUniversity of Waikatoによる、機械学習アルゴリズムを用いたデータマイニングをツール化。
Javaをプラットフォームとして使っており、ライセンスはGNU GPL。
WEKA3 http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/
日本語 http://www.weka-jp.info/
以下、企業によるもの。
STATA
http://www.lightstone.co.jp/stata/
アカデミック版で５万円程度。
JMP
統計解析ツールの老舗SAS Instituteによる。
http://www.jmp.com/japan/
学生時代に触ったことがあるが、統計自体がよくわかっていなかった（今も）ので、深入はしなかった。
IBM SPSS
かつては単独で統計パッケージを販売していたが、いつの間にかIBMの傘下に入っていた。
昔からある統計ソフトだが、庶民に手の出る価格ではなく、大学等の研究室で予算をとって買ったものを学生が利用していた。
